在有明确协议规定提成年终核算方法及发放标准的前提下，雇主未能依约计算并支出提成款，这就可能涉及到违法行为。根据相关法律法规，这种口头或书面协议被视为劳动合同的一部分，雇主必须严格执行。假如雇主无正当理由却擅自减少提成支付，员工可依照协议规定，向其索要对应提成补偿。然而，若关于提成事项的约定尚不清楚，亦或是还有其他因素影响提成计算（例如员工未满足某些业务指标等），那么具体问题则需进一步分析。首先，建议员工与雇主进行友好沟通以寻求最佳解决方案。若无法通过协商达成共识，还能诉诸于劳动监察部门或申请劳动仲裁，以此保障自己的合法权益。