1、目的不同：eva03重制版是为了庆祝EVA企业十周年而重置的版本，制作会更加精细，而eva1995版是为了在1995年至1996年初上映，所以内容较粗糙。2、版本时长：eva2003重制版在21-24话中进行了重制，并且添加5分钟的新剧情，结局新又增了29-30，使结局更加美满，而eva1995版原来的结局（25-26）因为资金问题而变得不，所以eva03比eva95版好。