生活污水、乡镇垃圾污水及鱼塘养殖污水直接排入海口。根据文昌市网查询显示：文昌高隆湾海水污染原因是因为清澜开发区高隆湾周边楼盘生活污水、乡镇垃圾污水及鱼塘养殖污水直接排入海口，导致沙滩泥化、海水变黑，且冬季污染更为严重。