1、菌株适应性：不同的菌株对微波的敏感性不同，有些菌株会在微波处理后失活或产生不可逆的突变，因此需要选择适应性强、生存能力好的菌株。2、微波时间：微波处理的时间也是需要考虑的因素，时间过短，菌株没有充分暴露在微波下，无法达到预期的诱变效果；时间过长，菌株会失活或产生不可逆的突变。