1、投资标的不同：沪基主要投资上海证券交易所上市的医药类股票，深基主要投资深圳证券交易所上市的医药类股票。2、重点关注领域不同：沪基侧重于大型制药企业和生物科技公司，而深基更注重中小型制药企业和医疗器械公司。