1、犯罪对象不同：隐匿销毁会计凭证罪的犯罪对象是企业或单位负责人、财务人员，妨害清算罪的犯罪对象是公司股东、董事。2、罪行性质不同：隐匿销毁会计凭证罪属于“违法行为”，主要表现为涉案货款无法核实，影响企业正常经营，妨害清算罪属于“犯罪行为”，主要表现为阻碍债权人依法取得债权，影响公司合法解散和清算。