优化程序不能用于真核生物。在真核生物中，光感受器的表达量较低，因此需要使用高强度的光来激活它们，这可能会对细胞产生不利影响，真核生物中的光感受器通常是泛有机物类蛋白家族成员，这意味着它们或许难以特异性地操纵不同的神经元亚型或细胞类型，因此优化程序不适用于真核生物。优化程序是一种利用光和光感受器操纵神经元活动的技术，目前主要应用于小鼠、果蝇等模式生物中。