1、被处以罚款。企业支付宝付款50万未入账可能会被相关部门处以罚款。罚款数额根据具体情况而定，但通常情况下会以未入账金额的一定比例作为基数计算罚款金额。2、被追究刑事责任。如果企业的行为涉嫌犯罪，相关部门可能会追究其刑事责任。涉及犯罪的情况包括：非法占用资金、故意隐瞒资金流向等行为。