关于存储在电子普通护照中的指纹信息的安全性，机关出入境管理机构在签发电子普通护照时采取了加密等保护措施，确保指纹信息仅限于电子普通护照签发机关和出入境边防检查机关在出入境管理时读取、核验和使用。电子普通护照签发机关及其工作人员也会对在出入境管理工作中获取的公民个人信息严格保密，确保不会泄露。此外，出入境边防检查机关也会对公民的个人信息进行严格保护，确保不会发生信息泄露的情况。这些保护措施能够有效保障公民信息安全，让民众在办理护照时更加放心。