有人认为，阴阳眼的现象可能来自精神症或其他精神疾病造成的幻觉和妄想。由于这些幻觉和妄想十分逼真，使得看到的人能够详细地描述，取信于人。还有一种观点认为，阴阳眼可能源于眼球疾病邦纳症候群。有些人的视网膜失去了一部分视物功能，那一部分的眼球便出现了幻觉。在许多宗教中，都有能够用肉眼看见灵体的人物。这些人通常都是神（如教中的耶稣），先知，或有神性的人物。佛教中的五眼和“天眼通”也能视为阴阳眼的解释。关于阴阳眼的成因，有些人认为，它可能源自先天的遗传，分为祖传和出生时睁一只眼闭一只眼两种情况。也有人认为，具有阴阳眼的人通常拥有的时间不长，只会在某些时刻偶然遇到。大多数人的阴阳眼都属于这种情况。