中科院。根据查询网易新闻网可知，中国科学院化学学术实力排名全球第一，当然中科院是中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心，拥有的科研力量也是最为雄厚的。而南京航空航天大学虽然也有化学专业但毕竟不是主攻学科因此还是在中科院底下研究所读博比较好。