1.认证机构的差异。- 有机食品由环保总局的国家有机食品发展中心管理。- 绿色食品由农业部国家绿色食品发展中心负责。- 无公害农产品由农业部进行宏观管理，具体认证工作由省级农业行政主管部门和授权的认证机构共同完成。2.开发时间的差异。- 绿色食品发展始于1990年。- 有机食品的发展起始于1994年。- 无公害农产品的发展始于2001年。3.生产加工依据的差异。- 有机食品依据国际有机农业联合会的标准。- 绿色食品参照国际标准并结合中国国情。- 无公害农产品依照《无公害农产品管理办法》。4.生产加工标准的差异。- 有机食品禁止使用化学合成物质，包括农药、化肥等，并严禁基因工程技术。- 绿色食品在限量范围内允许使用化学合成物质。