不算。毕业论文答辩二辩是由于第一次论文答辩没有通过或者没有参加，对于学生的毕业没有影响，不算挂科，只要二辩通过即可顺利毕业。毕业论文答辩是一种有组织、有准备、有计划、有鉴定的比较正规的审查论文的重要形式。