正处级。云南省航务管理局是云南省交通运输厅的下属机构，机构规格为正处级该机构加挂中华人民共和国澜沧江海事局、云南省地方海事局、云南省澜沧江航务管理局牌子，因此云南省航务管理局级别是正处级。