1、化学修饰法：通过使用化学修饰剂对酶进行修饰，可以鉴定出哪些氨基酸残基在酶的活性部位，修饰剂可以与酶的活性部位结合，从而改变酶的活性或结构。通过比较修饰前后酶的活性或结构变化，可以确定哪些氨基酸残基位于酶的活性部位。2、蛋白质结构分析法：通过分析酶的蛋白质结构，可以确定哪些氨基酸残基位于酶的活性部位，常用的方法包括X射线衍射、核磁共振和冷冻电镜等技术。