能免费。根据中华人民共和国《军人抚恤优待条例》的规定，优待退役军人可在全国范围内享受多种优惠，南通市的退役军人优待中，也包括了公共交通出行的专项优惠，如地铁免费搭乘、公共汽车一类车免费或半价等。持有有效的退役军人优待证的人员，可以凭证件在公共交通工具上申请优惠，但具体的优惠标准和操作流程可能会因地区、部门和交通运营商的不同而有所不同。