46分钟。经百度地图显示，合肥机场离合肥南站距离54.9公里，打车需要46分钟，途径沪陕高速、合肥绕城高速，也可以乘坐机场巴士1号线转轨道交通5号线，由合肥机场至合肥南站，全程需要1小说31分钟。