1、支付主体不同：海外代付是指由第三方支付机构代替付款人向收款人支付款项，协议付款是指付款人和收款人之间直接签订协议，由付款人直接向收款人支付款项。2、支付流程不同：海外代付的支付流程包括付款人向第三方支付机构提交支付请求，第三方支付机构将款项支付给收款人，收款人确认收到款项后，第三方支付机构将支付结果通知付款人，协议付款的支付流程是付款人直接向收款人支付款项，收款人确认收到款项后，将支付结果通知付款人。