社区卫生服务中心或乡镇卫生院进行报销。新生儿足底血筛查属于常规的免费体检项目，在医院出生后的新生儿会被自动纳入该项目的免费筛查范围。在新生儿足底血筛查过程中，有费用产生，家长可先自行垫付。然后携带证件（孩子的出生证明、户口本等）到当地社区卫生服务中心或乡镇卫生院进行报销。