可以。办理健康证主要检查肝肾功能、乙肝五项、艾滋、梅毒、血糖、甲状腺等功能，同时还需要通过B超检查判断肝脏、双肾、输尿管、妇科盆腔等部位是否有问题，来例假不会影响到检查的结果，也不会影响女性的健康。