有的。补充公积金是指补充住房公积金，是指用人单位除了为员工缴纳住房公积金外，再额外为员工缴纳一部分钱，这部分钱和住房公积金的一样使用。有补充公积金的单位有内的公务员、带编教师等、事业编包括地方，中直，各部委属，各央企下属未改制研究院、地方国企单位、企业等，因此南京国企有补充公积金。