不会。小程序备案主体括号的输入法不一致，会影响备案审核的通过率，因为这会导致备案信息不准确、不完整或不规范，但是，这并不会直接导致主体不一致的判断，在备案过程中，审核人员会根据备案主体的实际信息和相关法律法规来进行审核，而输入法不一致并不会改变这些信息，因此小程序备案主体括号的输入法不一致不会判断为主体不一致。