不会。0.1%甲酸乙腈不会直接堵塞液相色谱（HPLC）管道，但是可能会引起其他问题。具体而言，0.1%甲酸乙腈在液相色谱柱中可能会发生结晶、积累和沉淀，这会导致柱子阻塞和分离效果降低。此外，甲酸乙腈的pH值低，容易在HPLC系统中与金属离子起反应，产生沉淀，进一步导致管道堵塞和系统故障。