不可以。不得将专项资金用于项目规定用途之外的工作以及国家规定不得列支的其他费用，公卫专项资金主要用途是对医疗卫生机构在基本公共卫生服务中的项目进行补助和项目管理，工程款不在资金的使用范围之内，是不可以支付工程款的。