五世赐名。噶丹表示传承黄教祖师宗喀巴首建立之噶丹寺，松赞即指天界三神帝释、猛利和娄宿游所，林即寺。此外，该寺又因清康熙年间由五世择地扩建并赐名噶丹松赞林，而被称为噶丹松赞林寺。