1、外形不同，三斑海马的体侧背方各具一大黑斑，三斑海马身体侧扁，腹部凸出，躯干部是七棱形的，尾部是四棱形的。捧腹海马头部看起来是侧扁的，头每侧有两个鼻孔，头部弯曲与身体接近直角。2、分布区域不同，三斑海马分布在东印度洋和西太平洋的大部分地区，捧腹海马分布在大西洋、欧洲、太平洋、澳大利亚。捧腹海马和三斑海马各有各的特点，三斑海马作为药材的药效更好，比捧腹海马的价格更贵。