信用证开证行付款了不是直接进公司账户。信用证付款的程序是：开证行在收到单据后，审核没有不符点，则会直接或通过指定的付款行向交单行或议付行付款，交单行或议付行收到货款后再将货款转入受益人的账户。所以信用证开证行付款了不是直接进公司账户。而是要通过交单行或议付行。