海关通行证更新频率没有统一标准，不同的海关会有不同的更新时间。在一些地区，海关会每天更新一次通行证，而在其地区，更新时间会更加频繁或更少。根据中国海关总署发布的通知，截止到有些地区已经采取了电子通关方式，具体的更新时间还是要根据各地海关的和操作规范来定。