物美超市代金券被扣的资费是不能退还的。根据物美超市官方网站的说明：“为保障所有消费者的权益，凡因取消、退换货等原因导致的代金券扣除，一经抵扣，概不退还，不作补偿，恕不另行通知。”除非是因为物美超市自身原因导致的扣除错误，不是则被扣除的代金券资费是不可退还的。