发菜和水棉光合色素不相同。发菜和水棉都是一种海藻，发菜的主要光合色素是叶绿素a和叶绿素c，而水棉的主要光合色素是藻红蛋白和藻蓝蛋白。虽然它们在形态上有些相似，发菜和水棉在生物学上的区别是显著的。