北京市卫生系统的医护人员有疫情补贴。根据查询相关公开信息，根据《关于在新冠肺炎疫情防控工作中给予一线医疗卫生人员补助的通知》，北京市卫生系统的一线医护人员将获得疫情补贴，以表彰他们在新冠肺炎疫情防控工作中的贡献。