肠道原籍菌的定植抗力通过改变环境和合成物质起作用。肠道原籍菌的定植抗力主要通过以下三种方式起作用分别是酸化弱酸性环境，抑制外源入侵微生物；分泌抑菌物质，克制入侵微生物；合成有益营养物质，提高肠道对营养物质的吸收。