1、指代不同：真核过表达质粒：真核细胞表达载体之一为pEGFP-N1载体，具有对方面的优点。pEGFP-N1载体上携带有EGFP蛋白表达基因。原核过表达质粒：能携带插入的外源核酸序列进入原核细胞中进行表达的载体。2、特性不同：真核过表达质粒：该质粒具有很强的复制能力，可以满足随宿主细胞时跟随胞质遗传给新生的子细胞，这是真核细胞表达载体保证目的基因稳定表达的因素之一。原核过表达质粒：启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列，它是基派皮因表达不可缺少的重要序列。没有启动子，基因就不能转录。由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子，因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。