打完黄体酮小肚子隐隐约约疼的原因如下：1、药物不良反应：黄体酮属于一种天然孕激素，如果患者在注射药物以后出现了小肚子隐约疼痛，可能是由于药物刺激出现了不良反应导致，需要多注意休息，症状会恢复。2、月经要来：出现这种情况，可能是由于体内的激素水平发生变化，月经来潮造成的症状，比如患者就会出现腹胀和胸部不适症状，不需要特殊治疗，注意腹部的保暖工作即可。3、盆腔炎：主要是由于多次宫腔内操作造成的盆腔炎症，当盆腔组织处于充血和水肿状态时，会出现肚子疼痛，在医生的指导下使用甲硝唑片、妇科千金片、金刚藤胶囊等药物进行治疗。除此以外，也可能跟先兆流产、宫颈炎、子宫内膜炎等疾病有关系，采取相应的方式治疗。