环境保护主管部门。《环境保》规定，重点污染物排放总量控制指标由环境保护主管部门下达，省、自治区、直辖市分解落实。各区总量指标由市生态环境主管部门结合各区经济社会发展、生态环境质量、污染物排放情况等拟定。