根据百度律临相关资料显示。1.如果是办理完毕的户口协查函，当事人可以自己拿着，不会放进档案里。2.如果是单位办理的户口协查函，会由单位统一寄回当事人的户籍所在地的派出所，由派出所归档。户口协查函是由司法机关部门根据调查需要向其他单位发函请其协助调查的公文，通常是上级部门对下级部门之间或者两个不同地的部门之间的函件。