1、白色金针菇菌种：出菇整文，每从200株左右，柄长15到23厘米，菌盖内卷，不易开伞。自色品系对光线不敏感，即使栽培环境有较强的散射光，子实体仍是通体洁白，有光泽。2、黄色金针菇菌种：幼菇菌盖淡黄至黄褐色，菌柄上部色淡，为白色至浅黄色，下部色深，为金黄至暗褐色，密被褐色短绒毛。抗逆性强，接种后菌丝吃料快，出菇早，产量较高。3、二者的区别在于：白色金针菇比黄色金针菇菌株更整齐，白色金针菇抗逆性更差，而黄色金针菇更易养殖，黄色金针菇产量明显高于白色金针菇；还有黄色金针菇的颜色更深。