根据查询百度地图可知，从南京南站到南京大屠纪念馆推荐两种交通方式。1.驾车：从南京南站出发，途经：软件大道、凤台南路，耗时27分钟，全程15.4公里，须通过18个红绿灯，最终到达南京大屠纪念馆，打车大约41元。2.地铁：步行70米至南京南站上车，乘坐地铁3号线（林场方向），经过8站以后在大行宫站下车，站内换乘步行140米，在大行宫站上车，乘坐地铁2号线（鱼嘴方向），经过5站后，在云锦路站（2口出）下车，步行170米，就可以到南京大遇难同胞纪念馆，全程大约14.1公里，耗时38分钟，票价4元。