藻类学家们还认为金藻门和黄藻门有密切的亲缘关系，因为两者在鞭毛、细胞壁及色素等方面相似。藻体为单细胞、群体和分枝丝状体。多数种类的藻体无细胞壁，具眼点、有鞭毛，能运动；载色体黄绿色、金黄色或褐色；储藏物质为金藻糖( chrysose)或脂滴。细胞有I蜘蜡，壁常为套合的两半；主要以细胞、群体断裂成片等方式进行繁殖；多分布于淡水，一般在温度低、有机质含量少、微酸性水体中生长较多。