1、科属不同：石菖蒲是天南星科菖蒲属的植物，而九节菖蒲虽然名字中包含“菖蒲”，但它实际上并不属于菖蒲属，而是属于毛茛科的毛茛属。2、根茎特征不同：石菖蒲的根茎呈扁圆柱形，表面颜色为棕褐色或灰棕色；九节菖蒲的根茎则为短小的纺锤形，颜色主要为棕黄色后至暗棕色。3、毒性不同：石菖蒲的毒性相对较弱，而九节菖蒲的毒性则较强。4、采收季节不同：石菖蒲通常在秋冬季节采挖，而九节菖蒲则在春季的小满前后采挖。