国土资源管理部门。根据莱阳市自然资源和规划局查询显示，山东莱阳湿地补偿直属单位为国土资源管理部门。征地补偿的管理单位主要由国土资源管理部门和财政部门共同管理。国土资源管理部门负责征地补偿的执行和监督工作，包括确定征地范围、收集土地所有权人的意见、制定补偿标准、签订补偿协议等。