1000元。学生比赛奖金属于“偶然所得”，按照偶然所得计算缴纳个人所得税，适用税率为百分之20，纳税额为纳税所得额与百分之20税率的乘积，计算公式为：应纳税额等于应纳税所得额乘适用税率等于每次收入乘百分之20，纳的个人所得税为5000乘百分之20等于1000元。