1、形状不同：初级溶酶体呈囊泡状，直径有0.2至0.5um，由一层单位膜包裹；次级溶酶体是复杂的髓磷脂样结构的液泡状溶酶体。2、包含物质不同：初级溶酶体仅含有水解酶类，但无作用底物，外面只有一层单位膜；次级溶酶体是含水解酶及相应底物，以及水解消化的产物。