能同时查处违法。自然资源部门和规划部门都有权查处违法行为，且两者的职责有些重叠，例如，一些违法行为既涉及到土地使用，又涉及到规划问题，因此自然资源部门和规划部门可以共同查处，此外，相关法律法规也明确规定，不同部门应当协同配合，共同维护自然资源和环境的保护。