广州植物园站地铁站是广州地铁6号线途径站点的。广州地铁6号线在植物园站地铁站的运行时间分为去往浔峰岗站方向和去往香雪站方向的。去往浔峰岗站方向的地铁6号线，早上首班车到达植物园站地铁站的时间为06：21，晚上末班车到达植物园站车站的时间为23：11。去往香雪站方向的地铁6号线，早上首班车到达植物园站车站的时间为06：40，晚上末班车到达植物园站车站的时间为23：30。