购房合同的补充协议中只维修不赔偿有法律效力。购房合同补充协议是买卖双方在使用商品房买卖合同范本签约时，对双方各自关心的条款内容进行修改或增加，以明确双方权利义务的条款或协议。购房合同的补充协议有法律效力。所以说购房合同的补充协议中只维修不赔偿有法律效力。