两者是没有关系的。考研的毕业答辩是与第三方协议无关的，如果说没有通过答辩的话，等同于学生不能够正常毕业，即使在这之前学生已经和企事业单位签好了三方协议，这样的协议也是不作数的，因为学生没有办法拿到毕业证书。