第二军医大学作为国家“211工程”和“2110工程”重点建设学府，是首批国家“双一流”世界一流大学之一。该大学不仅在研究生教育方面取得了显著成就，还在军事学院和学校的发展上做出了重要贡献，是研究生院3设置单位之一。作为全国首批获得医生和硕士学位授予资格的单位，第二军医大学还设置了八年制系统医学教育，并参与了“卓越医生教育培训计划”。此外，它还是国家生命科学技术人才培养基地和国外医学学生培养基地。该大学拥有多家附属医院，包括上海长海医院、上海长征医院、东方肝胆外科医院和上海浦东新区公利医院。这些医院为第二军医大学提供了丰富的临床教学资源，也为学生提供了宝贵的实习机会。