企业惩罚并扣除员工薪资的举措是否合法需综合考虑。通常而言，雇主无权实施罚款，然而在特殊状况下，对员工报酬的扣除却有可能具有法律依据。例如，若因为员工个人过失而给企业带来财产损害，企业有权根据劳动条约的规定寻求其经济赔偿。但是，每次扣除的金额不允许超出当月薪酬的20％，并且剩余工资需保持在本地最低工资以上。如公司在未设定法定条件或合同约定的前提下，任意进行罚款和扣款，那么此举即为违法行为。员工此时可向劳动监督机构投诉或者申请劳动仲裁，以保护自身权益。