会。残保金系统是由国家社保局管理的，可以记录每个人的缴费情况，缴费时间、缴费金额信息，所以残保金系统是可以查出来少交的情况的。残保金是残疾人就业保障金，是国家为残疾人就业提供保障的专项资金。残保金不属于国家税收，需要按照规定缴纳。